作物長不好的原因是作物的根不好，作物的根不好是因為土不好，土不好是因為土壤里缺乏大量的有益微生物菌，所以解決當前土壤生態質量和作物產量的當務之急是在土壤中使用優質微生物菌劑。
要使土壤恢復健康，應先知道土壤健康的標準是什么？土壤的組成是固相、液相、氣相三類物質，主要包括礦物質、有機質、水分、空氣和微生物。土壤中這三類物質互相聯系、互相制約，是具有一定結構的有機整體。 因此，土壤健康的標準也由這三類物質進行界定：健康的土壤中包括45%左右的礦物質、25%左右的空氣、25%左右的水、5%左右的有機質和1%左右的微生物。
中央電視臺播出了《被化肥“喂瘦”了的耕地》專題調查后，再次指出了由于長期使用化學肥料，我國的土壤已經不再“健康”，土壤性狀惡化、 土地板結、土壤酸化、鹽漬化、土壤微生物多樣性被破壞等問題越來越突出，并直接導致了土壤貧瘠、地力衰竭等影響農業可持續發展。
微生物菌肥是根據土壤微生態學原理、植物營養學原理、以及現代“有機農業”的基本概念而研制出來的。微生物菌肥是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。
正確施用微生物菌肥，能降低化肥用量、降低生產成本、改良土壤結構、消除土壤板結、改善作物品質、提高商品率，顯著提高經濟效益，是綠色食品理想的生產資料。
一、減少化肥用量高達30%-60%
微生物菌劑經再增殖后含有大量的固氮菌，可以提高土壤中的氮元素含量，減少氮肥施用量；微生物菌劑同時含有有益微生物菌，增加土壤有機質，加速有機質降解轉化為作物能吸收的營養物質，提高土壤肥力，減少化肥用量。
二、增產效果明顯
高達20%-60%，視作物不同。改善作物和農產品的品質，使農民增收。
三、重構健康的土壤，提高作物抵抗病蟲害
a、改良土壤板結，激發土壤活力，提供額外的天然植物生長的激素和抗生素。
b、抑制土壤中的真菌和線蟲及植物根部病蟲害，從根本上減少了農藥的使用量。
四、促進植物生長發育，提高抗逆能力
多生根、保花、保果。防治早衰，抗重薦、、抗倒伏、抗旱、抗寒。
五、無毒、無害、無污染
用于生產無公害、環保、綠色有機農作物。
微生物肥料還有一些其它肥料沒有的特殊作用：
一、提高化肥利用率的作用。
隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
二、在綠色食品生產中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，國內外都在積極發展綠色農業（生態有機農業）來生產安全、無公害的綠色食品。生產綠色食品過程中要求不用或盡量少用（或限量使用）化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質；其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。近年來，我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。
三、微生物肥料在環保中的作用
利用微生物的特定功能分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而制成微生物肥料是一條經濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經處理由工廠直接加工成微生物有機復合肥料；二是工廠生產特制微生物肥料（菌種劑）供應于堆肥廠（場），再對各種農牧業物料進行堆制，以加快其發酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
四、改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。
